Извините, я знаю, что это на самом деле не вопрос программирования.
Но когда, например, на веб-сайте MySQL вам предоставляется возможность загрузить файл .zip или .msi. Является ли результат абсолютно одинаковым приложением, или эти две работы немного отличаются. То есть опция .zip более автономна, все в папке MySQL и ничего в реестре и т. д.
Это очень поможет моей проблеме и будущим проблемам.