aj1 и aj2 - это 2 ссылки на один и тот же объект (ajson), вы сделали это, когда эти 2 строки:
aj1 = ajson;
...
aj2 = ajson;
, поэтому размер одинаковый:
11-26 12:40:37.885: INFO/System.out(7214): aj1=============size1
11-26 12:40:37.885: INFO/System.out(7214): aj2=============size1
С этой строкой:
if (aj1.equals(aj2))
вы сравниваете один и тот же объект.