Когда вы настраиваете проект в Hudson (теперь Jenkins) на странице конфигурации, вы можете выбрать этапы сборки, которые будет выполнять Jenkins. Затем он будет запускать их в указанном вами порядке. Там у вас будет Maven шаги, где вы будете определять свои цели.
Дженкинс сам должен знать, где найти установку Maven (или Ant, или любую другую команду, которую он должен выполнить для сборки). Это можно сделать на странице конфигурации сервера.