Подойдет любой современный портативный сценарий, вы можете взглянуть на Outthentic инфраструктуру тестирования, она работает как для Windows, так и для Linux-платформ и предназначена для тестирования приложений Cli. Используя фреймворк, вы можете написать свои тесты на языке по вашему выбору - Perl, Python, Ruby, Bash.