Вы не выполнили свой скрипт оболочки, поэтому вот правильный код:
<code>echo "<pre>";
$var = 'beans';
exec("sh /var/www/html/dev/simple.sh $var", $output);
echo var_dump($output);
echo "
";
Кроме того, у вас что-то не так с вашим скриптом:
#!/bin/sh
echo $1
Примечание: команда READ предназначена только для сканирования строки с клавиатуры !! если вы хотите передать его аргументами, просто введите эти $ 1, $ 2, $ 3, ... это число аргументов, которое вы ввели один за другим.