Модульность - главная проблема:
Я могу выбрать, какие файлы javascript и css мне нужны на странице: в противном случае у меня была бы тонна файлов css и javascript, которые имеют все различные конфигурации (что просто беспорядочно).
Я также могу кэшировать файл и передать его кому-то еще быстрее
Пример такого случая вы найдете в том, что сайты собирают свои изображения вместе в один png-файл, а затем используют css, чтобы нарезать нужные биты для кнопок и т. Д.