Поддержка дочерних контейнеров продвигается только в версии 3.0 (в настоящее время основная ветвь). Достаточно было серьезного изменения ветки v2.0-v2.5, чтобы мы его не включили.
Если вы хотите добавить в проект некоторый код для включения поддержки дочерних контейнеров в Unity, пришлите мне запрос на извлечение проекта NServiceBus на GitHub, и я внесу ваши изменения .