Попробуйте что-то вроде этого.
Пример таблицы
declare @t table (id int identity, str nvarchar(max))
insert @t select '((A1 OR A2) AND (A4 AND A5)) OR A6)'
insert @t select '(A1 OR A2)'
Это разбивает varchar на слова и нумерует их
select id, word,
row_number() over (partition by id order by number) position
from
(
select t.id, v.number,
substring(t.str+')',
v.number+1,
patindex('%[() ]%',
substring(t.str+')',
v.number+1,
1000))-1) word
from @t t
inner join master..spt_values v on v.type='P'
and v.number < len(t.str)
and (v.number=0 or substring(t.str,v.number,1) like '[() ]')
) x
where word not in ('','OR','AND')
Выходные данные
id word position
1 A1 1
1 A2 2
1 A4 3
1 A5 4
1 A6 5
2 A1 1
2 A2 2