Вы должны сказать
a[i][j] = input("college %d %s" % (j+1, d[i]))
Это связано с тем, что оператор форматирования строки% ожидает один аргумент, поэтому, если вам нужно несколько средств форматирования, вам нужно передать кортеж. Поэтому я не могу сказать
"%s %s" % "Hello" % "World"
Я вместо этого должен сказать
"%s %s" % ("Hello", "World")
Если вы используете Python 2.6 или новее, у вас также есть возможность использовать метод формата , например,
"college {0} {1}".format(j+1, d)
А если вы используете Python 2.7 или новее, вы можете опустить значения индекса и просто сказать
"college {} {}".format(j+1, d)