Вы не можете запустить сервер приложений Java EE 6 в JDK 1.4, , но вы можете запустить независимое приложение в JDK 1.4 и потреблять (вызывать удаленно) EJBs из независимо от сервера приложений Java EE (включая версию 6), получающего ссылку на него по JNDI (как обычно).
Удаленное взаимодействие (за кадром) осуществляется через RMI, который совместим с JDK1.4 и JDK6.