Возможно, проблема в том, что ваша таблица стилей переопределяет добавляемые вами стили.
Вы пробовали:
$('#viewbg').css('height', pageHeight + 'px !important');
UPDATE
Как отметил Никола, вы пытаетесь извлечь элемент со страницы, который еще не был вставлен, и, следовательно, вы не можете оформить его так, как вам хотелось бы.
В дополнение к ответу Никола я также укажу, что вы можете стилизовать элемент, используя jQuery, чтобы выбрать его из переменной, в которой он существует, следующим образом:
$(S).css('height', pageHeight + 'px');
Полный источник:
S = document.createElement('div');
S.setAttribute('id','viewbg');
var pageHeight = $(window).height();
$(S).css('height', pageHeight + 'px');
$('body').append(S);
ОБНОВЛЕНИЕ 2
Чтобы получить высоту документа, а не высоту окна, вы можете использовать:
var pageHeight = $(document).height();
http://jsfiddle.net/urWJS/2/