Используйте определение рабочей области и исключите вашу папку там.
<dirset dir="${eclipse.workspace.dir}" id="workspacedirset">
<!-- exclude your directory-->
<exclude name="EXCLUDEME"/>
<!-- include all others -->
<include name="**"/>
</dirset>
<ant4eclipse:workspaceDefinition id="myworkspace">
<dirset refid="worspacedirset"/>
</ant4eclipse:workspaceDefinition>