Чтобы получить нужную вам функциональность, вы, вероятно, захотите установить matplotlib в интерактивный режим:
plt.ion()
Затем вызовите draw для обновления.Например:
import numpy
import time
x = (1,2)
y = (1,2)
plt.ion()
plt.plot(x,y, 'r-')
plt.draw()
for i in range(100):
print i
time.sleep(1)
plt.cla()
y = (numpy.random.normal(), numpy.random.normal())
plt.plot(x,y, 'r-')
plt.draw()