Единственными ограничениями, которые применяются, являются ограничения в базе данных. Задание ограничений в аннотациях Hibernate полезно только в том случае, если вы используете инструменты Hibernate для создания схемы SQL базы данных из исходного кода Java. В конце концов, он всегда оказывается в SQL.
Таким образом, если вы поддерживаете схему вручную и не генерируете ее из аннотаций Java, использование аннотаций для их указания бесполезно (за исключением случаев документирования).