Переименование корневой физической папки, вероятно, не помогает, поскольку приложение удерживает эту папку. Вы могли бы назвать его «розовые слоны», его не волнует, нужно только имя при поиске папки при запуске приложения.
Правильный и дружественный подход - просто перезапустить пул приложений, в котором находится приложение. Это можно сделать из контекстного меню пула в диспетчере IIS.
Не используйте IISRESET, он серьезно драконовский по сравнению с переработкой.