Я бы использовал подход сервер / клиент, когда вы на самом деле имеете дело только с одним доменом, но пусть PHP получает список с каждого веб-сайта.
Если домены находятся на одном сервере, то это должно быть довольно просто, в противном случае вам придется настроить немного более сложную архитектуру клиент / сервер, которая может позволить серверу получать список файлов, загружать / выгружать и внести любые другие необходимые изменения. (Может быть через FTP, как упоминал ТейлорОтвелл, дать серверу ftp доступ к серверу другого домена).
Затем, используя любую среду javascript, которую вы выберете, и ajax-запросы, вы можете отправлять команды на сервер, который занимается всем закулисным.
Я бы с осторожностью пытался выполнять междоменные ajax-запросы с помощью iframes, хотя вы можете заставить его работать как-то, но браузеры не хотят, чтобы это происходило. Так что вы можете столкнуться с проблемами, заставляя его работать во всех браузерах.