Моя коллега Саманта задала неясный вопрос, поэтому здесь я задаю здесь вопрос.У нее есть переменная goterms, содержащая все кадры данных для анализа.
goterms <- c('df1','df2','df3')
Переменная interestedGO содержит для каждого goterm списки с номерами ILMN.Таким образом, первый список содержит коды ILMN df1 и т. Д.
df1 <- c("ILMN_1665132", "ILMN_1691487", "ILMN_1716446", "ILMN_1769383",
"ILMN_1772387", "ILMN_1783910", "ILMN_1784863")
df2 <- c("ILMN_1651599", "ILMN_1652693", "ILMN_1652825", "ILMN_1653324",
"ILMN_1655595", "ILMN_1656057", "ILMN_1659077", "ILMN_1659923",
"ILMN_1659947", "ILMN_1662322", "ILMN_1662619", "ILMN_1664565",
"ILMN_1665132", "ILMN_1665738", "ILMN_1665859")
df3 <- c("ILMN_1661695", "ILMN_1665132", "ILMN_1716446", "ILMN_1737314",
"ILMN_1772387", "ILMN_1784863", "ILMN_1796094", "ILMN_1800317",
"ILMN_1800512", "ILMN_1807074")
interestedGO <- list(df1,df2,df3)
xx2 - это набор сравнения.Переменная xx2 содержит подмножество всех возможных номеров ILMN.
xx2 <- c("ILMN_1691487", "ILMN_1716446", "ILMN_1769383","ILMN_1832921")
x является своего рода набором ссылок.Переменная x содержит все возможные номера ILMN.
x <- c("ILMN_1665132", "ILMN_1691487", "ILMN_1716446", "ILMN_1769383", "ILMN_1772387",
"ILMN_1783910", "ILMN_1784863","ILMN_1651599", "ILMN_1652693", "ILMN_1652825",
"ILMN_1653324", "ILMN_1655595","ILMN_1656057", "ILMN_1659077", "ILMN_1659923",
"ILMN_1659947", "ILMN_1662322","ILMN_1662619", "ILMN_1664565", "ILMN_1665132",
"ILMN_1665738", "ILMN_1665859","ILMN_1661695", "ILMN_1665132", "ILMN_1716446",
"ILMN_1737314", "ILMN_1772387","ILMN_1784863", "ILMN_1796094", "ILMN_1800317",
"ILMN_1800512", "ILMN_1807074")
Со всеми этими переменными цель состоит в том, чтобы проверить для каждого goterm с соответствующими кодами ILMN, находятся ли они в наборе ссылок xx2.Чтобы проверить это, используется функция соответствия, и все совпадения дают 0, а соответствующие значения заменяются на 1. Чтобы дать удобный обзор всех экспериментов goterms, я хочу создать цикл, как показано ниже, чтопроверяет наличие каждого гена в наборе ссылок x.Окончательный результат должен быть data.frame, который сравнивает результаты каждого goterm в data.frame.
test <- list()
for (i in 1:length(goterms)) {
goilmn <- as.data.frame(interestedGO[i])
resultILMN <- match(goilmn[,1], xx2, nomatch=0)
resultILMN[resultILMN!=0] <- 1
result <- cbind(goilmn, resultILMN)
colnames(result) <- c('x', 'result')
zz <- merge(result, x, all=TRUE)
zz[is.na(zz)] <- 0
test[[i]] <- matrix(resultloop)
}
Окончательный результат будет выглядеть примерно так:
1 ILMN_1651599 0 0 0
2 ILMN_1652693 0 0 0
3 ILMN_1652825 0 0 0
4 ILMN_1653324 0 0 0
5 ILMN_1655595 0 0 0
6 ILMN_1656057 0 0 0
7 ILMN_1659077 0 0 0
8 ILMN_1659923 0 0 0
9 ILMN_1659947 0 0 0
10 ILMN_1661695 0 0 0
11 ILMN_1662322 0 0 0
12 ILMN_1662619 0 0 0
13 ILMN_1664565 0 0 0
14 ILMN_1665132 0 0 0
15 ILMN_1665132 0 0 0
16 ILMN_1665132 0 0 0
17 ILMN_1665738 0 0 0
18 ILMN_1665859 0 0 0
19 ILMN_1691487 0 0 1
20 ILMN_1716446 1 0 1
21 ILMN_1716446 1 0 1
22 ILMN_1737314 0 0 0
23 ILMN_1769383 0 0 1
24 ILMN_1772387 0 0 0
25 ILMN_1772387 0 0 0
26 ILMN_1783910 0 0 0
27 ILMN_1784863 0 0 0
28 ILMN_1784863 0 0 0
29 ILMN_1796094 0 0 0
30 ILMN_1800317 0 0 0
31 ILMN_1800512 0 0 0
32 ILMN_1807074 0 0 0
Кто-нибудь может мне с этим помочь?Спасибо!