Помимо pthread.h, cygwin - это полностью unix-подобная среда, в основном основанная на утилитах gnu, с некоторыми компонентами Solaris.
Вы можете компилировать и использовать программное обеспечение unix в среде cygwin, но вы не можете распространять свой exe-файл просто так. На каждой машине с Windows нужно было бы установить и настроить среду Cigwin.
Приложения Cygwin не являются на 100% эффективными или надежными в среде Windows из-за различий в дизайне ОС. Так же, как приложения для Windows не на 100% надежны и не эффективны при использовании Wine, хотя приложения Cygwin изначально компилируются в Windows.
Другие среды / библиотеки / компиляторы также предоставляют способы использования функций posix. Одним из наиболее успешных является Mingw, который предоставляет библиотеки, реализованные поверх вызовов win32, и не нуждается в дополнительной среде.
Кроме того, приложения Cygwin должны соответствовать условиям GPL2, поэтому вы должны отдавать свой исходный код вместе с приложением при использовании скомпилированных двоичных файлов cygwin, библиотеки времени выполнения Mingw официально находятся в открытом доступе, поэтому вы можете сохранить свой исходный код себе, если хочешь.
http://www.mingw.org/
http://en.wikipedia.org/wiki/MinGW
http://en.wikipedia.org/wiki/Cygwin