Вы не можете сделать это с простым JavaScript. Вы даже не можете получить информацию о пути из вашего «первого файла»; все, что вам скажет браузер - это простое имя файла (то есть имя файла без какой-либо информации о пути). Вы также не можете принудительно установить для поля ввода «file» значение.
Возможно, вы сможете сделать это, создав подписанный Java-апплет, но это совершенно другая энчилада, и вам в значительной степени придется сделать всю форму Java-вещью.
(Вы ничего не можете сделать из PHP, так как все, что сервер получит, это простое имя файла и никакой информации о пути).