Я обнаружил, что столкнулся с этой проблемой в Solaris 11 с httpd-2.2.22. Мой config.log показал, что программа, тестирующая версию apr-util, вызвала ошибку компиляции, потому что apu_version.h включает apr_version.h, но тестовая программа не включала директиву -I для каталога включения apr. Я обошел эту проблему, явно указав директиву apr include в CPPFLAGS. Адаптированный к вашему примеру это будет выглядеть так:
CPPFLAGS="-I/usr/local/apr/include" ./configure --prefix=/usr/local/apache --with-apr=/usr/local/apr --with-apr-util=/usr/local/apr-util --enable-so --enable-dav --enable-maintainer-mode --enable-rewrite
Обратите внимание, что я также изменил ваши условия --with-apr и --with-apr-util. Я думаю, что они оба должны указывать на каталог верхнего уровня, а не на программу config. YMMV.