Я бы предложил создать простой JDialog и затем утилизировать его после запуска вашего кода.Вы можете создать свой JDialog с помощью следующего кода:
JDialog dialog = new JDialog();
JLabel label = new JLabel("Please wait...");
dialog.setLocationRelativeTo(null);
dialog.setTitle("Please Wait...");
dialog.add(label);
dialog.pack();
и реализовать его следующим образом:
dialog.setVisible(true); // show the dialog on the screen
// Do something here
dialog.setVisible(false); // set visibility to false when the code has run