Сначала объедините все изменения ствола в вашу ветку, разрешив конфликты. Скорее всего, это вступит в противоречие с изменениями, которые вы внесли в ствол, но если вы хотите объединить эти изменения, сделанные в разных ветвях, вам, в конечном счете, придется разрешить эти конфликты, и это место для этого.
Затем реинтегрируйте ветку в ствол. (Обратите внимание, что ветвь не подходит для дальнейших слияний после ее реинтеграции. Лучше всего удалить ее.)
Одна вещь, которую вы можете сделать, чтобы уменьшить боль от накапливания слишком большого количества конфликтов, - это постепенное объединение изменений, а не объединение их всех сразу. Иногда мне легче понять изменения, которые я объединяю, когда их не так много. И понимание изменений может быть самым важным аспектом успешного объединения конфликтов.