Предположим, что ваши классы были в пакете com.tst - перейдите на один уровень вверх в cmd (cd ..) и введите следующее: (используйте / в UNIX)
jar -cf myfile.jar .\com\tst\*\*.class
Теперь, если у вас естьсуществующий файл JAR, и, если вы хотите его извлечь, вы должны набрать следующий
jar -xf myfile.jar
Файл манифеста можно использовать для указания версии jar и записей пути к классам