Похоже, это очень старая ошибка GTK +, которая была недавно исправлена .
Вы должны быть в состоянии обойти это, вызвав set_keep_above, когда окно уже отображено, то есть после show (). Комментарий 17 (от 2008) в этой ошибке говорит, что он не работает, но работает на моей машине, поэтому YMMV.