Практически все в Wordpress проходит перенаправление mod_rewrite на один скрипт PHP:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
Пока ваши другие системы могут сосуществовать с этим переписыванием (либо с использованием реальных реальных скриптов, либо переписываний, которые не запускают WP-материал), у вас все будет в порядке.