Я не испытываю этого.Этот параметр хранится в ProjectName .dtproj.user (тоже меня удивил)
Если вы хотите взломать, вложенный в Опции для вашей конфигурации, добавьте строку
<CreateDeploymentUtility>true</CreateDeploymentUtility>
Я полагаю, что файл .user заблокирован, и BIDS не позволяет обновлять его и не проверяет его.
Очистка бита только для чтения может быть выполнена из командной строки
attrib -r C:\src\ProjectName\ProjectName.dtproj.user
Или вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши файл, выбрать Свойства и снять отметку Read-only