Как Php, так и Javascript могут использоваться "автономно". Первый использует его из командной строки, второй - с такими интерпретаторами, как Rhino. В зависимости от того, что вы хотите сделать, и особенно от пользовательского интерфейса, вам может быть сложно использовать их на рабочем столе.
Вы также можете найти XUL интересным, но вам действительно нужно объяснить, что будет делать ваше приложение. Будет ли он использовать локальную файловую систему? БД?