Если вам это не нужно (взаимодействие с не-Java), и, возможно, вам это не нужно, RMI будет лучше; меньше кода, меньше конфигурации, меньше накладных расходов.
Опция, если вы боитесь, что вам это нужно, это использовать EJB3; он использует RMI, очень прост в настройке и развертывании, но также позволяет легко превращать ваши звонки в веб-службы, если они вам нужны.
Что бы вы ни делали, не создавайте свои собственные вещи; придерживаться стандарта.