Один из способов сделать это - установить профиль конфигурации с правильными настройками APN, который будет направлять весь сетевой трафик через прокси-сервер. Для WiFi вы можете установить прокси в настройках сети. Таким образом, вы можете легко получить статистику использования данных, используя прокси-сервер, такой как Squid. Кроме того, можно получить данные об использовании для каждого приложения, проверив заголовки HTTP запроса, поскольку все приложения, использующие CFNetworking, передают имя приложения в заголовке. Я почти уверен, что так работает Onavo.
Другой способ - использовать VPN-соединение. Принцип тот же, отличается только техника.