Пока у вас нет веток, где выполняется параллельная разработка, просто используйте svn move и svn rename. Попробуйте вносить изменения небольшими шагами и фиксировать каждый набор изменений. Также старайтесь не смешивать изменения папок с изменениями внутри файлов.
Если вам нужно объединить такие радикальные изменения структуры папок, когда кто-то параллельно разрабатывает ветку, вы окажетесь в мире боли, чтобы снова объединить все это. (возможно, но разрешение конфликта в этом случае будет раздражающей задачей)