Вы можете размещать файлы в любом месте, если у вас есть разрешение на запись, просто используйте обычный PHP:
http://php.net/manual/en/function.copy.php или http://php.net/manual/en/function.move-uploaded-file.php
Вы помещаете файлы в webroot, когда хотите, чтобы эти файлы были доступны для прямой загрузки.
Редактировать: Мне кажется, я знаю, что вы имели в виду: если вы хотите, чтобы оно было доступно для приложения Flash (или для загрузки, или для чего-то другого), поместите его в webroot. Почему вы не хотите помещать их в корень в любом случае?
Редактировать. Воспользуйтесь представлением мультимедиа, и вам потребуется способ проверить, исходил ли запрос с флэш-плеера или нет, чтобы разрешить отправку файла.