Я бы определенно сказал, использовать один репозиторий для каждого проекта. В противном случае вы будете иметь все виды перекрестных помех между проектами, не говоря уже о том, что указывать длинные пути очень сложно, если вы используете командную строку git. Git отлично работает с одним репозиторием для каждой модели проекта, я не вижу никакой причины использовать что-либо еще; Я не думаю, что когда-либо действительно понимал, почему SVN продвигал работу таким образом.