Часовой пояс, локаль и системные свойства, которые вы упоминаете, являются статическими переменными и не ограничены областью JVM, а скорее объектом Class , представляющим содержащий класс.
Объект Class ограничен ClassLoader , который его загрузил.
Например, у контейнера сервлета, такого как Tomcat, может быть несколько веб-сервисов, работающих в одной JVM, но с разными часовым поясом и локалью по умолчанию.
Взгляните на инструкции по загрузке классов Tomcat: http://tomcat.apache.org/tomcat-7.0-doc/class-loader-howto.html