Держу пари, что вы используете сборки P / Invoke или Mixed mode (с использованием небезопасного или собственного кода).
Может быть различие в платформе (подумайте о разнице между 32/64 битностью, но такжепропущенные / измененные вызовы API).
Чтобы выяснить наиболее вероятные места в вашем коде, я рекомендую немного необычную рекомендацию: запустить его через анализатор MoMa (ссылка ).
Анализатор MoMa был разработан для выявления проблем с переносимостью, которые могут возникнуть при запуске приложений, разработанных для / на MS .NET Framework на кроссплатформенной платформе Mono Framework (доступной в Unix, MAC, Windows и даже iOS и Android).платформы).
Это даст вам хороший отчет о вещах, которые могут вызвать проблемы.Вы, конечно, можете пренебречь элементами, о которых сообщается, что они «не реализованы на моно», потому что это не проблема.Тем не менее, он найдет все смешное использование P / Invoke и такие вещи, которые могут указать вам на проблему.