Либо использовать
getClass().getResourceAsStream("/file.txt")
или
getClass().getClassLoader().getResourceAsStream("file.txt")
(ClassLoader.getResourceAsStream
всегда принимает «абсолютное» имя ресурса.)
Я не верю, что навигация по «иерархии каталогов» работает в getResourceAsStream
- путь либо должен быть относительно данного класса, но без перемещения назад по дереву, либо он должен быть абсолютным для начала.