Я думаю, что обычно считается хорошей практикой не допускать JavaScript в ваши контроллеры.
Если вам нужно динамически собрать свой javascript, сделайте это, по вашему мнению, примерно так:
<script>
$(function() {
$('#result').load('<?php echo site_url('my_controller/json_function')?>/<?php echo $some_value; ?>', function() {
alert('Load was performed.');
});
}
</script>
в противном случае просто кажется более аккуратным поместить весь javascript в файл js и передать ему аргументы.