Вы многому научитесь благодаря опыту.
Многие из самых продвинутых интерфейсов даже не похожи на Java. По крайней мере, верхний уровень распространяется на JComponent, но кнопки не обязательно должны. Основное приложение может использовать собственные методы рисования для пользовательских видов или другие библиотеки для отображения трехмерных изображений. Когда у вас появится опыт использования множества различных компонентов и библиотек, вы начнете понимать, как все они могут объединиться в единое приложение.
Чтобы ответить на ваши вопросы объектной модели, определенно используйте отдельные классы от ваших объектов для их отображения. В конечном итоге один объект может использоваться различными частями вашего приложения, передаваться по сетям, отображаться на экранах, отправляться в виде текста или любым количеством разных вещей. Если вы попытаетесь поместить весь этот код в вашу объектную модель, это будет полный беспорядок.
Старайтесь строить методы здравого смысла на ваших объектах. Подумайте, какие методы, вопросы, свойства будут использоваться всеми частями вашего приложения при взаимодействии с этими объектами. Все, что является одноразовым и полезно только в одном месте, не помещайте это в классы основных объектов.
Кроме того, помните, вы всегда можете перенести функциональность. Использование хорошей IDE, такой как Eclipse, позволяет легко поднимать или опускать методы, свойства и другие части класса в суперкласс или подкласс. Если вы пишете некоторую функциональность, связанную с объектом, поместите его в модуль, который его использует. Когда вам понадобятся те же функции в другом модуле, перенесите их в вашу объектную модель, чтобы они могли быть общими. Это легко сделать с помощью правильных инструментов.