Из gdb help:
To run GDB in text command mode, use `gud-gdb'. You need to use
text command mode to debug multiple programs within one Emacs
session.
Итак, как вы говорите, Emacs не позволяет одновременно выполнять полнофункциональную отладку, но позволяет одновременно использовать много отладчиков текстового режима (например, оболочку Mx).