В общих чертах, назовите ваш пакет, например, например, orig-package-name-1.2.3-COMPANYNAME1.ext (где ext может быть egg, tar.gz, tar.bz2, zip, ...) и добавьте ваш расположение с механизмом find_links. Некоторые вдохновляющие примеры можно найти в документации Distribute
Затем измените ваши пакеты в зависимости от конкретной версии. Все это проще всего сделать с buildout, где производственная конфигурация явно привязана к желаемым версиям (плюс, возможно, можно указать суммы md5).