EDIT:
Похоже, что если у вас есть какие-либо настраиваемые пути поиска заголовков для поддержки нескольких целей с общим кодом, индексация XCode 4 будет нарушена, а затем помощник и кодекс с ним. Я поднял это как #ID 9182099 с Apple. Существует также проблема, заключающаяся в том, что если у вас есть какие-либо противоречивые настройки между глобальными и целевыми настройками проекта, индекс не будет выполнен правильно. Убедитесь, что настройки вашей сборки соответствуют.
Я только что столкнулся с этой проблемой в очень большом, многоцелевом коммерческом проекте. В качестве дополнительной проблемы все xib-файлы не будут отображать контроллер в представлении помощника, и ни одно из представлений подкласса / суперкласса / братьев / сестер / категорий не будет работать.
После долгих поисков и экспериментов с удалением индексов и т. Д. Я был вынужден создать новый пустой проект и повторно импортировать все. Я знаю, что вы сказали, что ваш проект слишком велик для этого, но я не думаю, что есть какие-либо другие варианты. В конце концов, мне понадобилось почти целый день, чтобы полностью перенести мой проект. Я полагаю, что вы могли бы надеяться на разрешение в следующем выпуске, но я решил попробовать, чтобы воспользоваться преимуществами повышения производительности от новых функций.
Для этого я создал новый «пустой» проект, а затем вручную воссоздал нужные мне цели. Затем я удалил исходные файлы и файлы .plist для новых целей, оставив меня снова с пустым проектом с тремя нужными мне целями.
Затем я просто выбрал «добавить файлы ...» в проект по одной папке за раз, связывая при необходимости целевое значение. Я остановил и построил каждую цель, поскольку она была импортирована, чтобы справиться с любыми ошибками компилятора, которые дал мне последний кланг.
Если у вас сложная иерархия групп, которая не сопоставлена со структурой папок файловой системы, то вам нужно будет либо воссоздать группы после импорта, либо пройти болезненный процесс перемещения всех ваших файлов в подпапки и перенаправления ссылок в XCode.
Вам также нужно будет тщательно проверить любые пользовательские настройки сборки в целевых объектах, а также заново связать любые библиотеки, которые вы включаете. Также убедитесь, что вы удалили все массово импортированные файлы .plist из целевой ссылки.
Извините, если это не тот ответ, на который вы надеялись.