Я думаю, что ваша проблема в том, что вы пытаетесь слишком много проверить.
Не видя код, это немного сложно, но есть некоторые начальные точки:
1) Отсоедините ваш контроллер от виртуальных каталогов - контроллер должен быть изолирован и не зависеть от настроек базовых веб-серверов. К чему вы получаете доступ через это?
Ваш контроллер вернет ViewResult, к нему должна быть подключена ваша модель, которую вы затем сможете использовать для проверки того, что правильные данные передаются в ваш View. Использование заглушек \ mocks и внедрения зависимостей для проверки правильности взаимодействия контроллера с базовыми службами, такими как хранилище базы данных.
Создайте отдельный набор интеграционных тестов для реализации ваших репозиториев.
2) Используйте среду веб-тестирования, такую как Watin, для проверки правильности представления. Это позволит вам взаимодействовать с веб-страницей и HTML-доменом, чтобы убедиться, что она работает должным образом. Проверьте свои контроллеры с помощью модульных тестов. Два отдельных теста для двух разных слоев.
Цель модульного тестирования - сохранить ваши тесты и код как можно более изолированными.