JS-клик правой кнопкой мыши работает в непрозрачном и прозрачном режиме, потому что браузер отображает Flash внутри своего собственного дерева отображения. В этом режиме браузер получает события мыши, позволяет обрабатывать их JS, а затем передает их плагину Flash. (Это причина, по которой возникают ошибки при вводе акцентированных или нелатинских символов в прозрачном режиме, потому что некоторые браузеры не пропускают их правильно).
В других режимах окна объект Flash не является частью HTML DOM таким же образом. Вместо этого ему просто дают прямоугольник дисплея и можно рисовать прямо на нем. Он также получает события клавиатуры и мыши напрямую от операционной системы, поэтому я не ожидаю, что какие-либо хаки контекстного меню JS будут работать в любом основном браузере.