Вот небольшой фрагмент кода, чтобы сделать то, что вы хотите.Там нет проверки ошибок, и я предполагаю, что ваши текстовые файлы не так велики, что вы исчерпаете память, загрузив весь текст в массив хешей.
open(FILE1, "< file1.txt");
open(FILE2, "< file2.txt");
@file1 = <FILE1>;
@file2 = <FILE2>;
foreach $line (@file1, @file2)
{
chomp($line);
$TEXT{$line}++;
}
foreach $line (sort keys %TEXT)
{
if ($TEXT{$line} == 1)
{
print $line . "\n";
}
}