Три возможных подхода ...
1) Сделать это проблемой сборки, а не установщиком. Оставьте WXS в покое и при автоматизации MSI скопируйте правильный XML-файл в область действия при сборке MSI.
2) абстрагируйте путь к файлу XML с помощью оператора препроцессора и передайте путь в сборку, чтобы WXS динамически указывал на разные файлы XML во время сборки.
3) Определите «что» отличается от XML и используйте возможность XML Changes для преобразования базового XML в специфический для клиента XML во время установки. Например, предположим, что XML-файл отличается, за исключением того, что некоторая пара ключ / значение имеет значение с именем заказчика. Используйте оператор пропроцессора, чтобы определить переменную для имени клиента и передать имя клиента в сборку. Используйте оператор препроцессора, чтобы свойство получало имя клиента. Затем используйте свойство в элементе XmlConfig, чтобы применить имя клиента к атрибуту значения ключа в файле XML.