dojo 1.3 поддерживает только один модальный диалог за раз, поэтому, хотя один диалог может открывать другой, закрытие второго разрушает модальность первого.
Это происходит потому, что dojo.Dialog использует один глобальный объект подложки, который обеспечивает экран между диалогом и всем остальным на странице. Вы можете заставить его работать, если вы хотите создать свою собственную подложку для каждого диалога и самостоятельно управлять z-индексами.
Я понимаю, что это будет исправлено в 1.4.