Используете ли вы SharePoint 2010 или 2007? Что за аутентификация? NTLM, формы или претензии на основе?
Если приложение работает под NTLM, то, как предложил Бен, приложение будет работать под учетной записью NTLM, и вы сможете получить доступ к ресурсу.
При запуске в формах приложение будет работать как анонимный пользователь (локальная учетная запись), который не сможет получить доступ к общему ресурсу.
Я бы предложил использовать ProcMon, он будет фиксировать основную ошибку «Отказано в доступе» и того, какой пользователь используется для доступа к нему.