Я думаю, что вы можете использовать API WebRequest (убедитесь, что вы находитесь на бета-канале или выше):
chrome.webRequest.onBeforeRequest.addListener(function(details) {
if (details.url.indexOf("myscheme")!=0)
return;
var options = details.url.substr(details.url.indexof(":"));
return { redirectUrl: "https://myhost/prefs?" + options };
},{},["blocking"]);
... и это полностью непроверенный код.Не стесняйтесь тестировать, отлаживать, исправлять, что угодно ... но имейте в виду, что вам нужно будет запросить некоторые разрешения: "webRequest", "webRequestBlocking", "<all_urls>"