DLL спроектированы так, чтобы быть динамически связанными - то есть они загружаются с вашей программой при запуске.
Они не обязательно должны находиться в той же папке, что и ваше приложение, просто где-то на пути, поэтому вам нужна только одна копия библиотеки opencv для всех программ на основе opencv на вашем компьютере.
edit: Вы можете собрать openCV для использования статических библиотек, но это не рекомендуется, у вас все еще есть внешние зависимости, такие как ffmpeg и libs в формате изображения, и Qt, если вы использовали это.
В Windows вы, вероятно, должныпостроить установщик, который может связать EXE и DLL.В противном случае Windows будет предупреждать каждый раз при запуске приложения innosetup - одно из самых простых.