Если все черные точки имеют одинаковое значение RGB для черного, то для этого потребуется только открыть изображение, сосчитать черные пиксели и разделить на общее количество пикселей в изображении. для чтения изображения и обнаружения черных пикселей, вы можете найти информацию здесь:
Java-буферный-изображения обнаружения-черно-пикселов
обратите внимание, что другой способ открыть изображение (по предыдущей ссылке) будет:
BufferedImage mapa = ImageIO.read(file);
Если ваши пятна состоят из разных RGB, которые выглядят черными / темными, то вы можете найти ответ в следующем посте: (он имеет дело с зелеными пятнами, но вы можете легко использовать упомянутые методы и искать черные пятна)
Как рассчитать количество зеленых пятен на изображении