То, что вы опубликовали, на самом деле является синтаксической ошибкой.Чего-то не хватает?
>>> import os
>>> path='home/john'
>>> os.system ('/%s/tabix' % (path) '-h -f ftp://<some_url> 4:387-388 > file.out' )
File "<stdin>", line 1
os.system ('/%s/tabix' % (path) '-h -f ftp://<some_url> 4:387-388 > file.out' )
^
SyntaxError: invalid syntax
Позвольте мне предложить вам использовать
os.system('/{path}/tabix -h -f ftp://<some_url> 4:387-388 > file.out'.format(path=path))